再現性研究

一、為什麼要再現性？

二、RStudio Projects + here

my_project/
├── my_project.Rproj      # 專案錨點，路徑自動設定
├── README.md             # 專案目的、樣本來源、執行步驟
├── renv.lock             # 套件版本鎖檔 (見下節)
├── data/
│   ├── raw/              # 唯讀
│   └── processed/
├── R/                    # 腳本依執行順序編號 01_, 02_, ...
├── results/
│   ├── tables/
│   └── figures/
└── reports/              # Quarto / RMarkdown 報告

# 在腳本中永遠用 here() 寫路徑，跨電腦零修改 / Always use here() — portable
# library(here)
# here()                                  # 偵測到專案根
# read.csv(here('data', 'raw', 'x.csv'))
# saveRDS(dds, here('results', 'dds.rds'))
# ggsave(here('results','figures','volcano.pdf'), p, width = 6, height = 5)

cat('Project + here = portable, no setwd() needed.\n')

三、renv：套件版本時光機

# install.packages('renv')

# === 第一次設定 / First-time setup ===
# 在專案內 / In project root
# renv::init()
#   建立 renv/ 資料夾、renv.lock、修改 .Rprofile
#   專案內的 install.packages() 都裝到專案 library，不污染全局

# === 日常使用 / Daily ===
# install.packages('newPkg')        # 裝到專案 library
# library(newPkg); ...              # 用
# renv::snapshot()                  # 把當前版本寫進 renv.lock 並 commit

# === 把專案搬到新電腦 / Move project ===
# git clone ; cd 
# 開 RStudio → 自動偵測 renv，提示是否還原
# renv::restore()                   # 一鍵裝回所有原始版本

# === 其他常用 ===
# renv::status()                    # 查看 lockfile 與實際 library 是否一致
# renv::update()                    # 更新套件並可選擇 snapshot
# renv::dependencies()              # 掃描程式碼用了哪些套件

# === renv.lock 範例片段 ===
# {
#   'R': { 'Version': '4.4.1' },
#   'Packages': {
#     'DESeq2': {
#       'Package': 'DESeq2',
#       'Version': '1.46.0',
#       'Source': 'Bioconductor',
#       'Hash': '...'
#     }
#   }
# }
cat('renv demo — see renv vignette for full guide.\n')

四、RMarkdown 與 Quarto──「程式碼即報告」

---
title: "DEG analysis report"
author: "Charlene"
date: today
format:
  html:
    toc: true
    toc-depth: 3
    code-fold: true        # 摺疊程式碼預設
    theme: cosmo
    fig-width: 7
    fig-height: 5
execute:
  warning: false
  echo: true               # 顯示程式碼
  cache: true              # chunk 結果快取
---

# Loading data

```{r setup}
library(DESeq2); library(here)
dds <- readRDS(here("results", "dds.rds"))
```

# Volcano plot

```{r volcano, fig.cap="Volcano plot of DEGs"}
EnhancedVolcano::EnhancedVolcano(results(dds),
  lab = rownames(dds), x = 'log2FoldChange', y = 'padj')
```

# Session info

```{r session}
sessionInfo()
```

# Render in R / 在 R 中渲染
# rmarkdown::render('report.Rmd')         # RMarkdown
# quarto::quarto_render('report.qmd')      # Quarto (or hit Render in RStudio)

# 命令列 / Command line
# quarto render report.qmd
# quarto render report.qmd --to pdf

# 多輸出 / Multiple outputs
# quarto render report.qmd --to html --to pdf

# 投影片 / Slides
# format: revealjs
# format: pptx

cat('Render demo — install rmarkdown / quarto package or quarto CLI.\n')

五、Git──分析的時光機

# R 與 RStudio
.Rhistory
.RData
.Rproj.user/
.Ruserdata

# renv：要不要 commit library 看團隊──通常 commit lockfile 即可
renv/library/
renv/local/
renv/staging/
# (renv.lock 必須 commit！)

# 大型資料 (用 Git LFS 或 cloud)
data/raw/*.bam
data/raw/*.fastq.gz
*.h5
*.rds
results/figures/*.pdf

# 系統垃圾
.DS_Store
Thumbs.db

# IDE
*.swp
.vscode/

# 命令列基本 / Basic CLI
# git init
# git add R/01_load_data.R
# git commit -m '01: load raw counts and sample metadata'
# git log --oneline

# 與遠端同步 / Remote
# git remote add origin git@github.com:user/repo.git
# git push -u origin main
# git pull

# RStudio 內建：Git 分頁可勾選檔案、按 Commit、寫 message、Push
# 整合的好處：diff 直接視覺化、衝突解決有 GUI

# 建議 commit 頻率：
# - 每完成一個分析步驟 commit 一次
# - 每天結束 push 到遠端，避免硬碟壞掉一切歸零
cat('Git demo — install Git first; RStudio auto-detects.\n')

六、其他可加分的習慣

七、論文投稿前的再現性 checklist